Pácin és környéke már a honfoglalás után lakott volt. Nem messze innen Karoson találták meg az eddig legjelentősebb honfoglalás kori sírokat. A honfoglalás kori leletek elemzését követő jelenlegi megítélés szerint feltételezhetjük, hogy a 10. század első felében uralkodó magyar fejedelmek hatalmi központja a Felső-Tiszavidékén volt és így a 10. század közepéig fennálló hatalmi centrum egyik részegysége Pacin közelében lehetett.

Pácin első említése 1247-ből való, ekkor a Bogát-Radvány nembéli Roland nádor a birtokosa. Egészen 1392-ig a Bogát-Radvány nemzetségé volt, 1398-ban kapta meg Debrői István. Pácin földesurai között megtalálható az a Brankovics György szerb despota, aki Luxemburgi Zsigmondtól számos birtokot kapott. Brankovics 1444-ben kiegyezett Murád szultánnal, ekkor magyarországi birtokai Hunyadi János kezére kerültek. 1459-ben Pácin sok más Észak-Magyarországi Hunyadi birtokkal együtt a Szapolyaiké lett.

Pácin a késő középkorban a tokaji, tállyai, majd pedig a regéci vár egyik tartozéka volt. Pácin faluja 16.század közepén Serédy Gáspáré, majd unokaöccséé, Alaghy Jánosé lett. Halála után lányát, Juditot gyámja, Mágócsy Gáspár 1580-ban összeházasította unokaöccsével, Mágócsy Andrással. Mágócsy Gáspár Észak-Magyarország egyik leggazdagabb földbirtokosaként a fiataloknak építette a reneszánsz várkastélyt. A kastély 1581-re készült el, a házaspár levelezésük tanúsága szerint 1583-tól már Pácinban lakott.

András 1559-1561 között a wittenbergi egyetemen tanult, együtt Szikszai Fabricius Balázzsal, az 1560-as évek végétől Zemplénben és a Hegyalján széles körben elterjedő kálvini reformáció jeles képviselőjével. Később nagybátyjával együtt az új egyház kiemelkedő patrónusai közé tartozott, 1584-től birtokaikon élt — Mágóchy András utolsó levelét is saját kezével írta — Károli Gáspár, aki feltehetően már ekkor megkezdte az első nyomtatott magyar biblia — a Vizsolyi Biblia — munkálatainak előkészítését.

Mágócsy András 1586-ban halt meg, özvegye Rákóczi Zsigmond felesége lett, így Rákóczi lett a közel 300 ezer holdas munkácsi domínium ura és természetesen Pacin tulajdonosa. Az Alaghyak perbe keztek Pácinért mely során Alaghy Judit 1590-ben a pácini megerősített uvarházat ("domus lapidea seu curia nobilitaris in modum fortalitii") átengedte rokonainak, Alaghy Ferencnek és Menyhértnek

A reneszánsz kastély így lett 1590-ben Alaghy Ferenc lakhelye. Az épület első jelentősebb átalakítására az ő birtokossága idején került sor: déli sarkaihoz egy-egy toronyszerű építményt emeltek, melyeket felül ma már ismeretlen formájú pártázatos törpeárkádsor zárt le. Ekkor nemcsak az árkádokat, hanem a falfelületeket is gazdag sgraffito- és festett díszítés borította. Alaghy Ferenc a kastélyt tornyos—védőfolyosós—lőréses fallal is körülvette, s ennek bejáratát farkasverem és felvonóhíd is erősítette. A bejárat előtt tátongó (ma feltárt állapotban található) farkasverem azonban inkább a kastély urának méltóságát volt hivatva szolgálni, mert hatásos védelmet nem nyújthatott. A falak előtt a déli részen gazdasági udvar húzódott. Alaghy Ferenc építkezésére utal az egykori külső kapuból származó évszámos-címeres kőkeret. Az 159l-es évszámmal ellátott keret szépen faragott, reneszánsz párkányú guttasorral és rozettával díszített.

A kastély 16. század végén élte fénykorát. A rózsaszínes fehérben játszó falfelületek, a sgraffitók tojásfehér és grafitszürke színei, az északi épületsarkok kék—vörös armírozása színekben is megkomponált festői hatást kölcsönöztek az épületeknek. Alaghy Ferenc halála után, 1612-ben Alaghy Menyhért örökölte a kastélyt. 1631. június 14-én, 44 éves korában hunyt el. Örökösei nem voltak, s így birtokai, köztük a pácini kastély is visszaszállt a királyra.

>Ezt követően II. Ferdinánd a pácini birtoktestet a kastéllyal Sennyei Sándornak adományozta s ez a család birtokolta ezután 1945-ig. Bár az új birtokos részletes családtörténete még feltáratlan, tudjuk, hogy 1676-ben felvett inventáriuma szerint az adományos Albert nevű fia nem lakta - a leírás kettős tetőt és olaszfokokat említ. Talán az épületet ért, a Tokaji-féle felkelés okozta károk helyreállítása miatt is építkezett Sennyei István a 1680 és 1720 között. Kisebb javításról tudunk 1829-ből, majd az 1856-ban Sennyei László által végeztetett átalakításnak köszönhette az a kastély a rekonstrukció megelőző fomáját. A 20. század 2. felében irodák, lakások, iskola, óvoda kaptak itt helyet, 1987-től múzeum.